Po przeanalizowaniu składu molekularnego Szarej Śmierci Tracer Tong wspomina, że struktura wirusowa składa się z powtarzających się po sobie liczb 17 i 23 dodając, że 1723 to rok urodzin Adama Weishaupta, założyciela bawarskiego Zakonu Iluminatów. Weishaupt w rzeczywistości urodził się w 1748 r.
Planowana była także wersja gry na systemy Linux, jednak nigdy się nie ukazała z powodu bankructwa Loki Entertainment Software - studia odpowiedzialnego za przeportowanie gry.
Z powodu braku wystarczającej pamięci w kodzie gry, główny projektant "Deus Ex", Harvey Smith, zmuszony był zmniejszyć teksturę Manhattanu z tła. Ucięciu uległy m. in. wieże World Trade Center. Ich nieobecność scenarzyści wyjaśnili zamachem terrorystycznym, w skutek którego oba budynki zniknęły z Manhattanu. Gra ukazała się na ponad rok przed atakiem z 11 września 2001 roku.
Używane w grze hasło „reindeerflotilla” jest odniesieniem do filmu "Tron". Takim hasłem Flynn, główny bohater filmu, włamał się do sieci komputerowej.
W nowojorskim hotelu jednym z gości był Gabriel Syme z Londynu, co stanowi nawiązanie do tytułowej postaci w powieści "Człowiek, który był czwartkiem" G.K. Chestertona.
W rejestrze gości hotelu "Hell's Kitchen" wpisana została Hyppolita Hall, która jest postacią z komiksów o Sandmanie.